化合物の構造を知ることはいずれの分野においても基本的に重要であり、今日その目的のために高度な機能を持つ多くの分析機器が用いられています。共同利用機器センターは、学内のそのような分析機器を、研究と教育の面で最も有効に共同利用する目的で設けられています。下記の共同利用機器について、各研究室から依頼された試料を測定し研究を支援するとともに、教員、学生、研究員などの方が円滑に各自測定できるよう、機器の調整や整備、使用予約の管理などを行っています。
1. 質量分析装置（MS）：原子、分子、クラスターなどの粒子を気体状のイオンにして真空中で運動させ、それらのイオンを質量電荷比（m/z）に応じて分離、検出する装置。化合物の分子量情報、構造情報、元素情報（構成元素の種類と数）が得られます。質量分析は有機化合物の構造解析に幅広い分野で用いられており、プロテオーム解析などでも重要な役割を果たしています。センターでは、共同利用機器であるハイブリッド（二重収束型/四重極型）質量分析装置および二重収束型質量分析装置を用い、依頼測定を行っています。その他、飛行時間型、四重極型、イオントラップ型の装置も共同利用機器として利用されています。
2. 核磁気共鳴装置（NMR）：試料を強い磁場の中に置き電磁波を照射すると、試料中の原子核がそれぞれ特定の周波数の電磁波を吸収します（「核磁気共鳴」と呼ばれます）。その周波数と強度の関係を測定する装置。 原子核（主に1H、13C）の数、位置関係、部分構造、立体構造など、分子の構造解析に関する有力な情報が得られます。共同利用機器として600、500、400、300、270、200 MHzの磁場強度をもつNMRがあり、センターは各自測定の支援と使用予約の管理、依頼測定を行っています。
3. Ｘ線結晶解析装置： 結晶によるＸ線の回折現象を利用して結晶内の原子配列の情報を得て、分子の立体構造を明らかにする装置。 理学電機製の単結晶自動X線構造解析装置RASA-7R型およびR-AXIS RAPIDⅡ-R型を用いて各自測定および依頼測定を行っています。
4. 元素分析装置：有機化合物を構成する元素（主にC、H、O、Nが対象）の含有量を正確に測定し、化合物の実験式を求める装置。別に質量分析装置などで求めた分子量と比較すれば分子式が明らかになります。また、試料の純度を正確に知ることができます。パーキンエルマー製の2400II全自動元素分析装置N241-0610型を用いて依頼測定を行っています。