本学は、1884(明治17)年、京都府御雇ドイツ人教師、ルドルフ・レーマン先生の教えを受けた者18名が設立した京都私立独逸学校をその礎としている。

彼らはドイツ語を通じて西洋の医学、薬学の知識を修得しようとした愛学の徒である。その後本学は、1892(明治25)年に私立京都薬学校、1919(大正8)年に京都薬学専門学校を経て、1949(昭和24)年に京都薬科大学へと昇格したが、その建学の精神である「愛学躬行」は今に受け継がれている。

「愛学躬行」という言葉は、ラテン語の“Philosophia et Praktikos"を翻訳したもので、Philosophiaは「愛知」や「哲学」を意味する。Praktikosは「実践」や「躬行」を意味する。躬行という言葉は「言ったことを自ら実際に行うこと」で有言実行に近い。

本学では「愛学躬行」の基となったラテン語の"Philosophia et Praktikos"という言葉をエントランスホールの正面に掲げ、本学の建学の精神として末永く伝えることとしている。