メインキャンパスから山科盆地を南へ7km下った東の山麓に位置する伏見区日野に所在します。広さ約13,016m²の敷地には、見本園、樹木園、温室、講義室・標本室を備えた管理棟があります。園内では、日本薬局方収載生薬の基原植物を中心に、染料植物などの有用植物についても展示植栽しています。薬用植物の栽培方法の検討をはじめ、植物の採集・標本化や所蔵標本の管理・データーベース化などを行っており、教育・研究において広く活用されています。