本学は、1884(明治17)年、京都府御雇ドイツ人教師、ルドルフ・レーマンの薫陶を受けた教え子たちによって創立された京都私立独逸学校、特にその「別課学科（別科）」（のち薬学科）を礎石としている。

彼らはドイツ語を通じて西洋の医学、薬学の知識を修得しようとした愛学の徒である。その後本学は、1892(明治25)年に私立京都薬学校、1919(大正8)年に京都薬学専門学校を経て、1949(昭和24)年に京都薬科大学へと昇格したが、その建学の精神である「愛学躬行」は今に受け継がれている。

「愛学躬行（Philosophia et Praktikos）」という言葉は、Philosophiaが「愛知」や「哲学」を意味し、Praktikosが「実践」や「躬行」を意味する。躬行という言葉は「言ったことを自ら実際に行うこと」で有言実行に近い。

本学では「愛学躬行」の"Philosophia et Praktikos"という言葉をエントランスホールの正面に掲げ、本学の建学の精神として末永く伝えることとしている。