共同利用機器センターは、京都薬科大学が有する先端的各種分析機器を有効に共同利用する目的で設けられています。センターでは、質量分析（MS）・核磁気共鳴分光分析（NMR）・元素分析等に関する機器の直接管理や分析業務などを主に行っています。当センターは本学教員・学生・院生はもちろん、学外協定校からの連携研究者の方も利用できます。また当センター独自の研究として、低分子化合物から細胞までを包括して有機的に連携させた研究を行っています。例えば、疾患関連タンパク質を標的とした治療薬につなげる分子設計を基盤とする研究や疾患発症時にタンパク質が毒性を獲得する分子メカニズムを解明することで、タンパク質の構造を分子的に制御する方法の探求も進めています。