共同利用機器センターは、京都薬科大学が有する先端的各種分析機器を有効に共同利用する目的で設けられています。センターでは、質量分析（MS）・核磁気共鳴分光分析（NMR）・元素分析等に関する機器の直接管理、使用訓練や分析業務などを主に行っています。当センターは本学教員・学生・院生はもちろん、学外協定校からの連携研究者の方も利用できます。また当センター独自の研究として、動物まるごと1匹を用いるマクロなアプローチと病理組織切片を用いるミクロなアプローチを有機的に連携させた診断薬剤開発を行っています。また、放射性薬剤を調製し実際に疾患モデル動物に投与することでその有効性を評価し治療薬につなげる研究や、ヒト由来の病理切片を用いて薬剤標的分子の特異的検出薬剤の開発研究も進めています。